Laboratorio di Oncologia Medica

Responsabile Scientifico: Prof. Marcello Tiseo, Professore Associato di Oncologia Medica

Per info e contatti: marcello.tiseo@unipr.it, 0521-702977

Personale afferente:

• Prof. Marcello Tiseo
• Prof. Antonino Musolino
• Dott.ssa Melissa Bersanelli
• Dott. Alessandro Leonetti
• Dott.ssa Benedetta Pellegrino
• Dott. Francesco Bonatti

Day Hospital Oncologia Medica, Padiglione 15, piano rialzato; CoreLab, Padiglione 15, 1° piano

Principali linee di ricerca :

• Ricerca di fattori predittivi di risposta e studio dei meccanismi di resistenza alle terapie a bersaglio molecolare: applicazione di metodiche di nuova generazione, digital droplet PCR e Next Generation Sequencing, per lo studio della biopsia liquida (cell free DNA estratto da plasma) e del tessuto tumorale al fine di individuare biomarcatori predittivi di risposta e meccanismi di resistenza alle terapia a target molecolare nei pazienti affetti da neoplasie solide con specifico driver molecolare.
• Ricerca di fattori predittivi di risposta all'immunoterapia: caratterizzazione dell'immunoprofilo, mediante studio delle sottopopolazioni linfocitarie circolanti (citofluorimetria a flusso) e del micro-ambiente tumorale (immuno-istochimica), del profilo genomico e trascrizionale (NGS, RNA-sequencing e nanostring) e del profilo radiomico di neoplasie solide trattate con immunoterapia.
• Ricerca di biomarcatori di outcome nella malattia precoce: utilizzo della biopsia liquida nella malattia operabile per lo studio della malattia molecolare minima residua.
• Studio del ruolo prognostico e predittivo del deficit funzionale di ricombinazione omologa (HRD) nel carcinoma mammario triplo negativo o con mutazione germinale nei geni BRCA1/2 o con insorgenza precoce. Studio dell’associazione tra HRD e attivazione del sistema immunitario nelle pazienti affette da carcinoma mammario e ovarico. Studio del ruolo prognostico dell’HRD nelle pazienti affette da carcinoma mammario e/o ovarico portatrici di Variant of Unknown Significance (VUS) germinali nei geni BRCA1/2. Studio del ruolo prognostico e predittivo dell’HRD nel carcinoma ovarico.

Principali metodologie applicate:

• Sequenziamento di nuova generazione: sequenziamento a fluorescenza massivo parallelo che sfrutta la chimica di sequenziamento mediante sintesi di Illumina. Impiego di pannelli targeted (da 50 a 500 geni) per l'analisi delle alterazioni molecolari (SNV, indels, CNV e fusioni geniche) a carico del tessuto tumorale e/o della biopsia liquida.
• Digital droplet PCR: PCR digitale basats sull'emulsionamento acqua-olio in gocce. Il campione viene frazionato in circa 20,000 droplets all’interno delle quali, in ciascuna droplet, avviene la reazione di amplificazione del templato. Il partizionamento massivo del campione è uno degli aspetti chiave di questa tecnica che ne conferisce un'elevata sensibilità utile per analisi di varianti somatiche, malattia minima residua, saggi di espressione e analisi di alterazioni del numero di copie geniche.
• Saggi ELISA: test immuno-enzimatici.
• Saggio di immunofluorescenza di RAD51.
• Caratterizzazione dell’infiltrato immunitario tumorale mediante immunoistochimica.

Principali strumentazioni in dotazione:

• Miseq (Illumina) Il sistema MiSeq è una piattaforma per di sequenziamento di nuova generazione (NGS) che integra in un unico strumento generazione di cluster, amplificazione, sequenziamento e analisi dei dati. Ideale per targeted resequencing e sequenziamento di piccoli genomi.
• NextSeq 550Dx (Illumina) Lo strumento NextSeq™ 550Dx Illumina® è una piattaforma per di sequenziamento di nuova generazione (NGS) marchiato CE-IVD, con doppia modalità di utilizzo: Diagnostica  (Dx Mode) e di Ricerca (Research Mode).  NextSeq™ 550 permette il sequenziamento di esomi, interi genomi, trascrittomi, e fornisce una transizione tra sequenziamento a elevata processività e scansione di array.
• Droplet Digital™ PCR (ddPCR™, BIO-RAD) La Droplet Digital PCR (ddPCR) impiega una tecnologia di microfluidica avanzata per generare migliaia di goccioline di pochi nanolitri di volume altamente uniformi, all'interno delle quali avviene una reazione di PCR. Una volta generate, le goccioline possono essere amplificate, lette e analizzate. Questa  tecnologia altamente sensibile è in grado di fornire una quantificazione assoluta del campione target, e di rilevare varianti genomiche rare a scopo clinico e di ricerca.
• 4200 TapeStation System (Agilent)  Il sistema Agilent 4200 TapeStation è uno strumento di elettroforesi automatizzata per il controllo della qualità di acidi nucleici (DNA e RNA), mediante l'analisi delle dimensioni, della concentrazione e dell'integrità dei campioni stessi. Il sistema TapeStation trova applicazione all'interno di qualsiasi flusso di lavoro di sequenziamento di nuova generazione (NGS).
• Maxwell® 16 Instrument (Promega) è utilizzato per eseguire in maniera automatica la purificazione di acidi nucleici (DNA, RNA, DNA libero circolante e miRNA) a partire da sangue intero, tessuto, plasma e buffy-coat. Possono essere processati fino a 16 campioni contemporaneamente in circa 30 minuti. Gli acidi nucleici estratti sono di elevata qualità e concentrazione e possono essere utilizzati per diversi tipi di applicazioni cliniche e di ricerca.
• Microscopio a fluorescenza Nikon Eclipse Ni-U dotato di lampada a mercurio 100-W con obiettivi Nikon Plan Fluor 20X and 60X.
• VENTANA DP 200 slide scanner (CE-IVD).

Parole chiave per la descrizione del Laboratorio: biomarcatori, biopsia liquida, meccanismi di resistenza,  ricombinazione omologa (HRD), immune-profiling.